电脑将文件存储在C盘（系统盘）可能会导致以下问题：
影响电脑运行速度：
C盘空间不足或存放过多文件会导致系统响应变慢，影响电脑的整体性能。
系统文件损坏风险：
C盘是系统盘，存放重要文件会增加系统损坏的风险，一旦系统崩溃，可能会导致C盘中存储的文件丢失。
增加病毒和恶意软件感染几率：
C盘是病毒和恶意软件常见的聚集地，存放过多文件可能增加系统受到病毒和恶意软件攻击的风险。
影响系统启动和响应速度：
C盘中存放过多不相关的软件可能会影响系统的启动和响应速度，造成电脑卡顿。
为了避免这些问题，建议不要将重要文件存储在C盘，并将软件安装到其他磁盘分区，以保持C盘的清洁和快速响应。